وافقت اللجنة التنفيذية ومجلس الأمناء على إقامة المعهد على ربوة من روابي ضواحي مدينة القدس، والتي لا تبعد عن المسجد الأقصى سوى ثلاثة كم، جرى تشييد البناء في بلدة أبو ديس المجاورة للمسجد الأقصى المبارك وذلك في العام 1966م. تولّت وزارة الأشغال العامة الكويتية إعداد التصاميم والمخططات، وساهمت في توفير الكوادر الهندسية للإشراف على تنفيذ المرحلة الأولى التي تضمنت أبنية تعليمية ومختبرات وسكن داخلي.
تبرّع الشيخ صباح السالم الصباح، أمير الكويت آنذاك، بمئة ألف دينار كويتي، وأضيف إليها دعم حكومي وشعبي من الكويت بلغ مئتي ألف دينار، مكنت من انطلاق مشروع البناء عام 1966.
تم وضع حجر الأساس تحت رعاية أمير الكويت الراحل والملك الحسين بن طلال في 17 آذار 1966.
ومع اندلاع حرب الخامس من حزيران عام 1967م ما أن أُحتلت القدس، حتى أقدم الجيش الإسرائيلي على زيارة موقع البناء وكانت لديهم خطة للاستيلاء عليه. فتنبه مجلس الأمناء في القدس واستجلبوا مجموعة من الأيتام من المناطق المحيطة وأقاموا في المبنى مما فوت الفرصة بالاستيلاء على المباني. أدى احتلال مدينة القدس إلى توقف البناء مؤقتاً، ثم أُعيد استئناف العمل عام 1971، ليبدأ المعهد استقبال الطلاب في السنة نفسها، مستمراً منذ ذلك الحين في أداء رسالته.
اليوم، وبعد مرور أكثر من نصف قرن، بات المعهد صرحاً تربوياً بارزاً، خرّج حتى نهاية العام الدراسي 2024/2025 أكثر من 4000 طالب في فروع التعليم المختلفة، معظمهم من الأيتام وأبناء الشهداء والمحتاجين، وامتد تأثيره ليشمل مختلف أنحاء فلسطين، مساهماً في دعم صمود التعليم في القدس وحماية الهوية الوطنية في وجه محاولات الأسرلة والطمس.